Der erste Kapellenbau der späteren Michaeliskirche entstand um 725 durch den Missionar Bonifatius und wurde dem Erzengel Michael geweiht. Im Laufe der Jahrhunderte fiel die Kirche drei Stadtbränden zum Opfer und erfuhr mehrere Umbauten. 1690 übernahm Johann Christoph Bach, der älteste Bruder von Johann Sebastian Bach, die Organistenstelle der Michaeliskirche. Diesem Amt folgte bis 1813 in ununterbrochener Folge immer ein Mitglied der Ohrdrufer Bach-Familie. Auch Johann Sebastian, der von 1695 bis 1700 bei seinem großen Bruder in Ohrdruf lebte, erlernte hier das Orgelspiel.
1945 wurde die Kirche bei einem amerikanischen Bombenangriff zerstört. Lediglich der quadratische untere Teil des Kirchenturms aus dem 15. Jahrhundert blieb erhalten. 1999 wurde der gesamte Turm wieder aufgebaut und beherbergt eine kleine Kapelle und eine Ausstellung.
Vom Turm aus hat man einen herrlichen Blick über die Stadt und die Region.